研究ハイライト&トピックス

2020/03/27

世界のダイコン500品種のゲノム情報を公開

ダイコンの品種開発を加速するためにはゲノム情報の基盤整備を進める必要があります。2014年にダイコンのゲノム塩基配列情報を世界に先駆けて発表したのに続き、ゲノム情報を高度化するため、東北大学大学院農学研究科を中心に、千葉県のかずさDNA研究所と農業・食品産業技術総合研究機構(以下、農研機構)野菜花き研究部門と協力して、地域に根付いた品種を主として500を超える世界各地のダイコン品種のDNAを分析し、世界最大級の数となる品種間で異なる部分(SNP:一塩基多型)を明らかにしました。この遺伝情報に基づくと、世界のダイコンは大きく4つのグループに分類され、日本の品種は独自のグループを形成することが分かりました。この研究の詳細は国際科学雑誌「DNA Research」への掲載が決定し、それに先立ち令和2年3月13日にオンラインで発表されました。(東北大学プレスリリース)
また、これに続き、世界一大きな「桜島ダイコン」のゲノム塩基配列を解読しました。本解読には最新の一分子リアルタイムシーケンサーによるロングリード技術が使われ、ダイコンゲノムとしてのゲノムカバー率はこれまでの80%から100%へと向上し、塩基配列の連続性(繋がりの良さ)も27倍に向上した高精度なゲノム塩基配列を決定しました。この研究の詳細は国際科学雑誌「DNA Research」に令和2年5月19日にオンラインで発表されました。(かずさDNA研究所プレスリリース)
以上の成果により、ダイコンの肥大性を含め、、ダイコン特有の特徴(形質)を支配している遺伝子の探索やゲノム情報を利用した育種(品種開発)、さらに品種を識別するDNA分析技術開発が加速すると期待されます。



図1 検出したSNPの染色体における分布の様子
約53,000 SNPのうちの一部の位置を赤で示している。Rs1〜Rs9は染色体の番号を示す。

【発表雑誌】
雑誌名:DNA Research doi: 10.1093/dnares/dsaa001
論文名:Identification of genome-wide single-nucleotide polymorphismsamong geographicallydiverse radish accessions
著者名:HirotoKobayashi, Kenta Shirasawa, Nobuko Fukino, Hideki Hirakawa, Takashi Akanuma, Hiroyasu Kitashiba* (*corresponding author)


雑誌名:DNA Research, Published online before print (May 19th, 2020)、DOI: 10.1093/dnares/dsaa010
論文名:Genome sequence and analysis of a Japanese radish (Raphanus sativus) cultivar named ‘Sakurajima Daikon' possessing giant root.
著者名:Kenta Shirasawa*, Hideki Hirakawa, Nobuko Fukino, Hiroyasu Kitashiba, and Sachiko Isobe (*corresponding author)

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