生物学の研究において、文字列同士の比較をすることは、遺伝的配列を用いて生物個体が持つ遺伝子の機能や生息地における個体集団の構造を解析する際に不可欠な処理です。文字列同士の一方のどの要素が他方のどの要素に対応するのかについて、無駄なく高速に特定するためのアルゴリズム（計算手順）の設計に取り組んでいます。

長い文字列データの局所的な部分について解析処理を行う場合に、文字データ全体を前処理して解析処理の途中結果を集めたデータ構造を用意することで、各部分についての解析処理の実行時間を高速化することができます。小さなデータ構造で解析処理の高速化を実現するための手法の開発を試みています。