遺伝情報を用い、生産生物の有効利用のための様々な問題に取り組んでいます。主な内容は、発生や発育過程における分子制御機構の解明、品種改良と量的形質の遺伝的制御、遺伝資源の保全、遺伝情報解析のための計算手順の設計などです。
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発生や発育過程における分子制御機構の解明 
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品種改良と量的形質の遺伝的制御、遺伝資源の保全 
グッピーを用い、体長や環境適応能力などの量的形質における遺伝的パラメータ（遺伝率や育種価）の推定と産業対象種への応用、イワナや南方性アジ類の遺伝資源の保全のための集団構造の解明に取り組んでいます。
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遺伝情報解析のための計算手順の設計 
生命活動において欠かすことのできないDNAの塩基配列やタンパク質のアミノ酸配列は、定まった種類の文字が何らかの意味を持って連なった文字列と見なすことができます。文字列に現れる特定の条件を満たす領域やパターンを見つけたり、文字列同士を比較して共通の構造を見つけ出すためのアルゴリズム（計算手順）を設計し、その性能や効率を解析しています。