畜産動物における病原体(細菌、ウイルス、原虫)の感染機構の解明を推進する。それを基礎とした抗病性に関する新規評価系の確立と有用微生物資材等の粘膜免疫調節機構解明から健全育成と健康生活の向上に関する教育・研究を推進し指導者を育成する。

水産免疫ユニット

水産生物の免疫機構の解明を行い、その成果を生かした、薬に頼らない感染症の予防や制御の方法の確立と、水産免疫教育を実施する。また、海洋微生物等の未知の海洋生物資源を利用した新しい水産生物免疫賦活化法の開発と、これに関する教育・研究を行う。

作物免疫ユニット

作物の生体防御機構の解明と、感染防御の発展的応用に関する教育・研究を行う。作物の栽培・育成環境制御、有用微生物等の生物資材や光等の物理的防御資材を活用することにより、化学農薬に依存しない病原微生物・害虫等の管理技術の開発と指導者を育成する。

食品免疫ユニット

農畜水産物・食品のヒトにおける免疫機能性についての教育と研究を行う。抗感染、抗炎症、抗アレルギー作用などの免疫機能性を持つ分子を同定し、その機能性発現のメカニズムを科学的に解明する。これにより国民の健康長寿に結びつく食品の開発を目指す。

医農免疫連携ユニット

ヒトと動物、さらには生態系を包括的にとらえた健康に関する概念『One World One Health』を追求すべく、医学と農学、環境科学といった学問分野が分野横断的に連携することで、ヒトおよび動物の健康生活／健全育成を目指した免疫学に関する教育・研究を展開する。